Работењето на секторите и одделенијата е организирано со формирање на функционални единици и тоа во:
- Сектор за административни, општи и правни работи и финансиско работење
- Одделение за административни, општи и правни работи
- Одделение за одбрана, заштита и општо одржување
- Одделение за материјално и финансиско работење
- Сектор Комплетирање и обработка на библиотечен материјал, Библиографски и Реферален центар, Матична дејност и ВБМ центар
- Одделение Комплетирање, техничка и стручна обработка на библиотечен материјал
- Одделение Библиографски и Реферален центар
- Одделение Матична дејност и ВБМ центар
- Сектор Библиотечни фондови и услуги; заштита
- Одделение Библиотечни фондови и услуги
- Одделение Центар за заштита и дигитализација на библиотечни фондови