Работењето на секторите и одделенијата е организирано со формирање на функционални единици и тоа во:
- Сектор за административни, општи и правни работи
- Одделение за административни,општи и правни работи
- Одделение за човечки ресурси; одбрана,заштита и спасување, управување со кризи и техничко одржување
- Одделение за материјално и финансиско работење
- Сектор Комплетирање и обработка на библиотечен материјал, Библиографски и Реферален центар
- Одделение Комплетирање и техничка обработка на библиотечен материјал
- Одделение Стручна обработка на библиотечен материјал
- Одделение Библиографски центар
- Одделение Реферален центар
- Сектор Заштита на библиотечни фондови и археографско одделение
- Одделение Општ фонд и услуги,
- Одделение Збирки и Археографски Центар
- Одделение Заштита на библиотечни фондови
- Одделение Центар за слепите и слабовидните лица
- Сектор Виртуелна библиотека на Македонија
- Одделение Матична дејност и развој на библиотекарството
- Одделение Заемна каталогизација
- Одделение Дигитализација
- Одделение за меѓународна соработка, односи со јавноста ,маркетинг, културни манифестации и издавачка дејност