Националната установа – Национална и универзитетска библиотека „Св. Климент Охридски“ – Скопје, започнува со работа во слободна Македонија на 23 ноември 1944 година со именувањето на нејзиниот прв директор со заповед на Поверенството за народна просвета на Президиумот на АСНОМ. Оваа врвна институција од областа на библиотекарството во нашата држава, во изминативе децении континуирано дава исклучително важен придонес во сферата на културата, образованието и науката.
Патронот на библиотеката, сесловенскиот просветител Св. Климент Охридски (830-916) ја формирал првата манастирска библиотека во Охрид, во манастирот Св. Пантелејмон, а средновековните манастирски библиотеки во Македонија продолжиле да ги негуваат библиотекарските традиции. Во почетокот на 19. век се формираат училишни и јавни читалишта, кои ја продолжуваат и развиваат традицијата за собирање и чување на книгата, што е темел на културната меморија и овозможува споделување на знаењата и духовните дострели.
Почетниот фонд на Националната и универзитетска библиотека „Св. Климент Охридски“, при започнувањето со работа во слободна Македонија изнесувал околу 150.000 библиотечни единици, од кои најголем дел се наследени од Централната библиотека на Филозофскиот факултет во Скопје. Оваа библиотека била формирана 1920 година и во почетокот била од затворен тип, односно ги задоволувала потребите само на студентите и наставниците, а по формирањето на посебни семинарски библиотеки во рамките на факултетот, таа станала отворена и за поширок круг корисници, односно добила статус на прва јавна општонаучна библиотека. Нејзиниот фонд до почетокот на Втората светска војна содржел универзитетски учебници и научни публикации од областа на хуманитарните и општествените науки (книжевност, етнологија, географија, историја и сл.), а исто така и значајни наслови од референтна литература (енциклопедии, речници, библиографии) и приближно 300 наслови периодика. За време на Втората светска војна, библиотеката е одредена за депозитна библиотека на бугарската издавачка продукција и во тој период, како задолжителен примерок се добиени поголем број публикации на бугарски јазик од различни области на културата, науката и образованието, со што структурата и обемот на книжниот фонд значително се измениле и се прошириле во однос на содржините и на јазикот. Покрај книжниот фонд, Националната и универзитетска библиотека „Св. Климент Охридски“ го наследила и скромниот простор во зградата на предвоениот Филозофски факултет, лоцирана во централното градско подрачје, на левиот брег на Вардар. Во тој простор, во 1944 година, отпочнала работата со 50 читателски места и дванаесет вработени.
Освен заповедта на Поверенството за народна просвета на Президиумот на АСНОМ од 23 ноември 1944 година за именување на првиот директор со што практично започнува да функционира библиотеката во слободна Македонија, други важни историски документи за статусот и натамошниот развој на Библиотеката се Решението на АСНОМ од 18 јануари 1945 година за доставување на задолжителен примерок од македонската издавачка продукција и Одлуката на Националниот комитет за ослободување на поранешната федерација од 8 февруари 1945 година за доставување на задолжителен примерок од целокупната издавачка продукција во тогашната држава со што НУБ „Св. Климент Охридски“ станува национална депозитна библиотека. Покрај основната функција на национална библиотека, НУБ „Св. Климент Охридски“ е истовремено и универзитетска библиотека за Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје, што е одредено со Законот за библиотеките во НР Македонија од 1960 година. По осамостојувањето на државата, со актуелниот Закон за библиотеките, заради унапредување и координација на работата на библиотеките на територијата на целата држава е дефинирана како централна национална библиотека со матична функција.
Во 1952 година Филозофскиот факултет е преселен од зградата во која до тогаш се сместени заедно со НУБ „Св. Климент Охридски“, по што е извршено функционално преуредување на објектот, односно Библиотеката добила на располагање 6.500 м2 во кои имала посоодветни можности за организирање и развој на дејноста со воведување нови служби, како и за зголемување бројот на читателските места (од 50 на 250).
Поплавата во ноември 1962 година, а потоа и катастрофалниот земјотрес во Скопје од 26 јули 1963 година, привремено го прекинале развојниот пат на библиотеката. Зградата била речиси во целост разурната, а фондот, кој во тоа време броел околу 500.000 единици, бил во голема мера оштетен и уништен. Во тие драматични моменти, вработените во НУБ „Св. Климент Охридски“ биле ангажирани за спасување и евакуирање на преостанатиот дел од книжниот фонд, а голем број библиотеки и други институции од светот се вклучиле во обновување на фондот. Првите денови по земјотресот, книжниот фонд што бил спасен од урнатините првично е привремено евакуиран, а потоа е преселен и сместен во наменски монтажни објекти. Во овие монтажни објекти библиотеката продолжила со работа при што во овој период се формираат посебните фондови (повеќе збирки), микрофилмската лабораторија, лабораторијата за конзервација и реставрација, како и посебна служба за библиографски информации. Во такви услови библиотеката работела до вселувањето во новата, наменски изградена, современа и функционална зграда во 1972 година со површина од над 10.000 м2. Овој објект располага со значително зголемен капацитет на работните простории, магацинскиот простор и на корисничкиот, односно читателскиот дел, што во следните децении овозможува развој и унапредување на стручните процеси и на услугите. Во 2009 година НУБ „Св. Климент Охридски“ доби многу важна поткрепа во исполнувањето на еден од основните услови за успешно и соодветно сместување, чување и заштита на библиотечните фондови, преку проширувањето на просторните капацитети со финализирање и пуштање во употреба на доградбата на библиотеката. Имено, на 24 мај 2009 година официјално беше отворена новата модерна зграда во продолжение на постоечката, со што библиотеката доби дополнителен простор од околу 3000 м2.
Библиотеката е одговорна за развојот на националниот библиотечно-информациски систем COBISS.MK. Почетоците за развој на ваков систем датираaт уште од 1987 година кога НУБ „Св. Климент Охридски“ учествуваше во воспоставувањето на библиотечно-информацискиот систем што го разви Институтот за информациски науки (ИЗУМ) од Марибор, Словенија, но кој по распадот на поранешната држава престана да функционира извесен период. Од 1996 година, прво НУБ „Св. Климент Охридски“, а потоа и други библиотеки во државата ја обновија соработката со ИЗУМ – Марибор и започнаа да го применуваат КОБИСС (COBISS). Со поврзување на овие библиотеки во 2001 година се воспостави системот на заемна каталогизација, а на 3 декември 2004 година COBISS.MK официјално беше промовиран како национален библиотечно-информациски систем и НУБ „Св. Климент Охридски“ потпиша договор со ИЗУМ – Марибор за имплементација на системот COBISS во нашата држава и оттогаш ги извршува задачите на национален библиотечно-информациски сервис на овој систем. Библиотеката ја потпиша и Спогодбата за воспоставување на мрежата COBISS.Net, со што националниот библиотечно-информациски систем COBISS.MK се поврза со другите библиотечно-информациски системи од регионот во библиотечна мрежа која овозможува слободен проток и размена на податоци меѓу библиотеките.
Во текот на изминатите децении НУБ „Св. Климент Охридски“ прерасна во современ културен, образовен, истражувачки, информативен и библиотекарско-експертски центар што ги применува европските и светските стандарди.
Прв директор на библиотеката е проф. д-р Ѓеорѓи Шоптрајанов, кој бил на таа функција од 1944 до 1946 година. Потоа следуваат: Емануел Чучков (1946-1947); Епаминонда Попандонов (1948-1951); Митко Зафировски (1951-1972); д-р Иван Катарџиев (1972-1978); Димитар Солев (1978-1987); д-р Васе Манчев (1987-1993); м-р Вера Калајлиевска (1994-1999); Младен Србиновски (1999); Паскал Гилевски (1999-2002); Борко Зафировски (2002-2006), Миле Бошески (2007-2013); д-р Иван К. Заров (2014-2017); Сенка Наумовска (2017-2018); Фримзим Даути (2018-2021); Јелисавета Костадинова (2021-2022); Рахметула Куќи (2022-2024) и актелниот директор Јовица Никчевски (2024 – ).
За придонесот во научниот, културниот и вкупниот општествен развој, библиотекатата досега има добиено бројни државни награди и признанија, меѓу кои се и наградата „11 Октомври“ како највисоко општествено признание за особено значајни остварувања, наградата „Св. Климент Охридски“, Орденот за заслуги за Македонија што го доделува претседателот на државата, како и многу други награди, признанија и благодарници.