Националната и универзитетска библиотека (НУБ) “Св. Климент Охридски” во Скопје е една од првите институции формирана со одлука на Антифаштичкото собрание на народното ослободување на Македонија (АСНОМ), на 23. ноември 1944 година, кога практично Втората светска војна се уште не е завршена.
Богатата библиотекарска традиција на просторот на Република Македонија, чии корени досегаат до делото на сесловенските просветители Св. Кирил (826-869) и Св. Методиј (820-885) е основа врз која Библиотеката отпочна да ја гради и да ја развива својата дејност. Нејзиниот патрон, Св. Климент Охридски (830-916) ја формирал првата манастирска библиотека во Охрид, во манастирот Св. Пантелејмон, со што станал основоположник на библиотекарството на овие простори. Бројните средновековни манастирски библиотеки во Македонија, за чии фондови постојат материјални сведоштва, ги продолжиле библиотекарските традиции и ги чувале верските книжевни дела.
Појавата на световното библиотекарство, во почетокот на 19. век манифестирано преку првите приватни збирки на книги, училишните и јавните читалишта, го следи континуитетот на традицијата за собирање и чување на книгата преку која се шири образованието, се развива и се негува сознанието за македонското национално битие.
Иницијалниот фонд на Националната и универзитетска библиотека “Св. Климент Охридски”, при формирањето во 1944 година, изнесува околу 150.000 библиотечни единици. Најголемиот дел од нив се наследени од Централната библиотека на предвоениот Филозофски факултет во Скопје. Оваа библиотека, при формирањето во 1920 година, имала околу 10.500 наслови (30.000 примероци), а десет години подоцна овој број двојно се зголемил. Во неа биле застапени универзитетски учебници и научни публикации од областа на хуманитарните и општествените науки: книжевност, етнологија, географија, историја и сл. Фондот содржел и значајни наслови од прирачна литература (енциклопедии, речници, библиографии) и приближно 300 наслови периодика.
Централната библиотека на Филозофскиот факултет во Скопје, во почетокот била од затворен тип и ги задоволувала потребите само на студентите и наставниците. Подоцна, кога во рамките на факултетот се формирани посебни семинарски библиотеки, таа стана отворена и за поширок круг корисници, односно доби статус на прва јавна општонаучна библиотека во Скопје. За време на Втората светска војна, по окупацијата на Македонија од тогашната бугарската власт (од април 1941 до септември 1944 година), Централната библиотека на Филизофскиот факултет е одредена за депозитна библиотека на бугарската книжна продукција. Во тој период, како законски задолжителен примерок се добиени поголем број публикации на бугарски јазик, кои што не се исклучиво со научен карактер. Со тоа, структурата на книжниот фонд значително се измени во однос на содржината и во однос на јазикот.
Покрај книжниот фонд, Националната и универзитетска библиотека “Св. Климент Охридски” го наследи и скромниот простор на Централната библиотека, во зградата на предвоениот Филозофски факултет, лоцирана во централното градско подрачје, на левиот брег на Вардар. Во тој простор, во 1944 година, отпочна работата на Библиотеката, со 50 читателски места и дванаесет вработени.
Значајни документи за натамошниот развој и статусот на Библиотеката се Решението на АСНОМ од 18. јануари 1945 година за доставување на задолжителен примерок од македонската издавачка продукција и Одлуката на Националниот комитет за ослободување на Југославија (од 8. февруари 1945 година) за доставување на задолжителен примерок од југословенската издавачка продукција. Со овие документи, практично, НУБ станува национална депозитна библиотека на тогашната Народна Република Македонија и една од осумте југословенски депозитни библиотеки. Од 1991 година, по осамостојувањето на Република Македонија, Библиотеката е депозитна за македонската издавачка продукција. Покрај основната функција на национална библиотека, НУБ е општонаучната и универзитетска библиотека за Универзитетот “Кирил и Методиј” од Скопје, што е формално санкционирано со Законот за библиотеките во НР Македонија од 1960 година.
Во 1952 година Филозофскиот факултет е преселен од зградата во која го делеше просторот со Библиотеката. По ова, извршена е адаптација и проширување на просторот, со што значително се подобрија условите за работа и развој. Библиотеката сега располага со 6.500 м2 во кои има можности за соодветно организирање и сместување на книжниот фонд, за зголемување бројот на читателските места (од 50 на 250) и за подобрување на работните услови. Во овој период отпочна и формирањето на нови служби со што организацијата на работата отпочна да ги добива карактеристиките на национална и универзитетска библиотека: служба за подготовка на македонската национална библиографија (1949 год.); книговрзница за заштита на фондот (1953 год.); Библиотечен центар/матична служба (1954 год.).
Поплавата, во ноември 1962 година а набргу потоа и катастрофалниот земјотрес во Скопје од 26. јули 1963 година, насилно и сурово го прекинаа развојниот пат на Библиотеката. Зградата беше речиси во целост разурната, а фондот, кој во тоа време броеше околу 500.000 единици беше во голема мерка уништен и оштетен. Во тие драматични моменти, непроценливо и незаборавно е беспоштедното ангажирање на вработените во Библиотеката, кои го спасуваа и го евакуирааа остатокот од оштетениот книжен фонд. Од посебно значење е и помошта со која голем број библиотеки и други институции од светот се вклучија во обновување на фондот. Овие настани во историјата на Библиотеката се бележат како незаборавна манифестација на професионална солидарност и општа хуманост.
Во првите денови по земјотресот, дел од книжниот фонд на Библиотеката, спасен од урнатините е евакуиран во Даут-Пашиниот амам. Набргу потоа, во почетокот на 1964 година, тој е преселен и сместен во наменски монтажни објекти.
Изградбата на овие монтажни објекти, со вкупна површина од 1750 м2,од кои 1200 м2 магацински простор, овозможи Библиотеката да продолжи со работата и во тие тешки времиња по земјотресот. На тој локалитет и во таквите услови Библиотеката работи до вселувањето во новата зграда во 1972 година. Во овој период се формираат посебните фондови- збирки; микрофилмската лабораторија ( 1966 год.); лабораторијата за конзервација и реставрација (1970 год.). Во 1966 година се формира и посебна служба за библиографски информации која подоцна, во 1976 година, прерасна во Реферален центар, каде што отпочнаа првите активности во врска со автоматизацијата на библиотечното работење.
Библиотеката е одговорна за развојот на единствениот национален библиотечно-информациски систем кој треба да ги поврзе сите видови библиотеки од нашата држава. Почетоците за развој на ваков систем датираaт уште од 1987 година кога Библиотеката учествуваше во воспоставувањето на библиотечно-информацискиот систем и системот на научни и технолошки информации на Југославија, што го разви Институтот за информациски науки (ИЗУМ) од Марибор (Словенија), но кој по распадот на Југославија престана да функционира. Од 1996 година, најпрвин Библиотеката, а потоа и други библиотеки во Македонија ја обновија соработката со ИЗУМ и започнаа да го применуваат програмското решение на системот COBISS. Со поврзување на овие библиотеки во 2001 година се воспостави системот на заемна каталогизација COBISS.MK, кој на 3 декември 2004 година и официјално беше промовиран како национален библиотечно-информациски систем. Тогаш Библиотеката потпиша договор со ИЗУМ за имплементација на системот COBISS.MK во Македонија и го основа Центарот Виртуелна библиотека на Македонија (Центар ВБМ), кој ги извршува задачите на национален библиотечно-информациски сервис на овој систем.
Во 2003 година, од името на сите библиотеки во Македонија, Библиотеката ја потпиша и Спогодбата за воспоставување на мрежата COBISS.Net, со што националниот библиотечно-информациски систем COBISS.MK се поврза со другите библиотечно-информациски системи COBISS од регионот, во библиотечна мрежа која овозможува слободен проток и размена на податоци меѓу библиотеките. Денес, преку мрежата COBISS.Net, Центарот ВБМ им обезбедува на библиотеките од системот COBISS.MK поврзување и соработка со над 700 библиотеки од системите COBISS на Словенија, Србија, Црна Гора, Босна и Херцеговина, Бугарија и Албанија.
На 24. мај 2009 г. официјално е отворена новата модерна зграда во продолжение на постоечката, со што Библиотеката доби дополнителни 3000 м2. Во новата зграда се сместени Специјалните збирки, Виртуелната библиотека на Македонија и Центарот за дигитализација, како и магацински простор.
Во изминатите седумдесет и четири години Библиотеката имала четиринаесет директори. Првиот директор е професор д-р Ѓеорѓи Шоптрајанов, кој бил на таа функција до 1946 година. Потоа следуваат: Емануел Чучков (1946-1947); Епаминонда Попандонов (1948-1951); Митко Зафировски (1951-1972); д-р Иван Катарџиев (1972-1978); Димитар Солев (1978-1987); м-р Васе Манчев (1987-1993); м-р Вера Калајлиевска (1994-1999); Младен Србиновски (1999-1999); Паскал Гилевски (1999-2002); Борко Зафировски (2002-2006); Миле Бошески (2007-2013); д-р Иван К. Заров (2014-2017); д-р Сенка Наумовска (2017-2018); Фримзим Даути (2018-2021). Г-ѓа Јелисавета Костадинова е нов вршител на должност директор на Националната и универзитетска библиотека „Св. Климент Охридски“ – Скопје, именувана од г-ѓа Ирена Стефоска, министер за култура на Република Северна Македонија на 30 јули 2021 г. Јелисавета Костадинова е библиотекар советник со 25-годишно искуство во библиотечно-инфорамциската дејност. Во последните 14 години таа е посветена на работата во Виртуелната библитоека на РСМ. Таа е лиценциран предавач за повеќе курсеви COBISS.
За придонесот во научниот, културниот и вкупниот општествен развој на Македонија, Библиотеката досега има добиено бројни општествени награди и признанија од кои ги издвојуваме: Орденот заслуги за народ со сребрени зраци (1972); Наградата “11 Октомври” како највисоко општествено признание за оснобено значајни остварувања во областа на науката од интерес за СРМ (1975); Повелбата на културата (1984); Наградата “Климент Охридски” (1984 и 1994 год.) и други.